Su deposu temizliği Sağlık Bakanlığı 2007-67 genelgesinde belirtildiği gibi en geç 6 ayda bir yaptırılması zorunlu bir hizmettir. Yoğun kullanım veya kirlilikte, bu süre 45 güne düşürülür. Su deposu temizliği; plastik, çelik, beton, fayans ve benzeri her depoya uygulanabilir. Su deposu temizliği ve su deposu dezenfeksiyonu hizmetinde hidrofor ve benzeri ekipmanlara müdahale edilmez. Su deposu temizleme hizmeti konusunda uzman gerekli yetki ve kalite sertifikalarının tümüne sahip kuruluşlarca yapılmalıdır. Su deposu temizliği hizmetinde Sağlık Bakanlığının ön gördüğü dezenfektan kimyasallar ya da ozon kullanılır. Su deposu dezenfektesi sonrası kimyasal atık kalmaması için yere 0.1 mm çekiş kabiliyetine sahip dalgıç pompalar kullanılmalıdır. Su deposu temizlik hizmetinden sonra teslim alacağınız hizmet formunu, denetlemelerinizde ibraz edebilirsiniz. Su deposu tonajı; deponun en, boy ve yüksekliğinin çarpımı ile bulunur. Su deposu temizliğiyle, su deposu dezenfeksiyonu hizmeti birbirinden bağımsız uygulamalar olup, birlikte yürütülür. Su depolarında üreyen başlıca bakterileri Koliform, Ekoli ve Enterekok olarak sıralayabiliriz. Su sebili temizliği hizmeti 45 gün ve 3 aylık periyotlarla yaptırılmalıdır. Su sebili temizliği hizmeti sonrası sebilde oluşan koku, renk ve tat farklılıklarıyla birlikte, yosunlanmada giderilir. Su sebili temizliği hizmetinde sadece ozon kullanılır. Ozon dışında hiçbir dezenfektan ürün kullanılmamalıdır. Su sebili temizliği; alkol, çamaşır suyu, sirke ve tablet ürünlerle asla yapılmamalıdır. Bu durumlarda sebildeki bakteri miktarı olağan dışında çoğalır. Su sebillerinde üreyen bakterilerin başında Koliform gelir. Su sebili temizliği, aynı depo dezenfeksiyonunda olduğu gibi konusunda uzman, gerekli kalite ve yetki belgelerine sahip kuruluşlarca yapılmalıdır. Su deposu izolasyonu metal alaşım ve beton depolara uygulanırken, plastik depolara uygulanmaz. Metal alaşım depolara epoksi izolasyon, beton depolara ise sürme ve Pvc membran kaplama izolasyon metotları uygulanır. Epoksi izolasyon metal alaşım depolarda su kaçağını kesmez. Epoksi izolasyon mevcut pasın giderilmesi ve paslanmanın sonlandırılması için uygulanır. Beton depolarda ise sürme izolasyonun su kaçağına %50, Pvc membran izolasyonun su kaçağına %99 mukavemeti bulunur. Kaçak olan beton su depolarına Pvc membran kaplama izolasyon yapılır.